Einmal im Jahr muss man jedes Gewächshaus einmal ausräumen, reinigen und neu sortieren, um es auch danach wieder zu 100% nutzen zu können. Handelt es sich um ein unbeheiztes Kalthaus, dann bietet sich dazu ein Termin im Herbst an, wenn die letzten Pflanzen ausgezogen sind. Und auch ein Warmhaus, welches im Winter als Quartier für frostempfindliche Kübelpflanzen dient, kann im Herbst, bevor die Pflanzen einquartiert werden, generalüberholt werden. Später, wenn erst einmal das Gewächshaus wieder mit pflanzen besetzt ist, ist es zumindest für den Hausputz auf der Innenseite zu spät.

Auch die Tische und Regale müssen raus, damit man an die verschmutzten und veralgten Scheiben herankommt. Sät man beispielsweise bereits zum Winterende oder Frühjahr erste Pflanzen in den Anzuchtschalen wieder aus, dann ist es besonders wichtig, dass die Scheiben vollkommen sauber und lichtdurchlässig sind. Denn um diese Jahreszeit ist die Lichtausbeute im Gewächshaus ohnehin geringer als im Sommer.

Was man früher regelmäßig gemacht hatte und heutzutage tunlichst unterlassen sollet, war die Angewohnheit, auch den Erdboden im Gewächshaus unter Wasser zu setzen und damit überschüssigen Dünger auszuschwemmen. Denn damit gelangen die Düngesalze nur weiter in den Boden und sickern schließlich bis ins Grundwasser durch. Stattdessen sät man im Gewächshaus einfach eine Gründüngerpflanze aus, die über ihre Wurzeln den überschüssigen Dünger dem Boden entzieht,

Die Seitenwände schrubbt man am besten mit einer Bürste innen und außen ab. Die Giebel- und Dachflächen bearbeitet man mit einem Schrubber von einer trittsicheren Stehleiter aus. Starken Schmutz kann man mit einem Gartenschlauch abspülen. Auch die Tische, Kisten und Aufzuchtgefäße müssen gründlich gereinigt werden, um eine Verschleppen von Pflanzenschädlingen und Krankheitskeimen bis zur nächsten Pflanzsaison zu unterbinden.